Stiprūs vėjai, pustymas, sausi, greit įkaistantys, nederlingi dirvožemiai, druskingas vanduo, staigios ir dažnos oro permainos nulemia Kuršių nerijos augalijos išskirtinumą. Kuršių nerijoje auga apie 900 augalų rūšių, iš kurių 31 įrašyta į Lietuvos Raudonąją knygą. Didžioji dalis Kuršių nerijos apaugusi mišku, tai sudaro apie 70 proc.
Einant per Kuršių neriją iš vakarų į rytus ir stebint augaliją, galima išskirti kelis natūralius augmenijos ruožus: paplūdimio, apsauginio kopagūbrio, palvės, kupstynės, didžiųjų kopų, pamario. Ties Juodkrante ir Nida ryški senųjų parabolinių kopų juosta, kur išlikę seniausi ir gražiausi miškai. Čia galima rasti 100–150 metų amžiaus pušų, eglių, ąžuolų. Juodkrantės apylinkėse veši reta Lietuvoje šiaurinė linėja.
Paplūdimys
Paplūdimio juostoje augalija įsitvirtinti nepajėgia. Bet jau šiek tiek toliau pradeda atsirasti druskingų dirvožemių augalai: sultingoji jūrasmiltė, baltijinė stoklė. Tai vienmetės ir daugiametės žolės su storais mėsingais lapais. Šie augalai yra pirmoji užtvara vėjo genamam smėliui.
Apsauginis kopagūbris
Apsauginio kopagūbrio juostoje įveisti smiltyninės smiltlendrės ir smiltyninės rugiaveidės sąžalynai. Šių augalų ilgos šaknys sutvirtina dideles smėlio mases. Jų kaimynystėje įsikuria pajūrinis pelėžirnis, baltijinis pūtelis, baltijinė linažolė. Daugelis jų turi šiurkščius, plaukuotus ar vaško sluoksniu padengtus lapelius. Tai juos apsaugo nuo staigių temperatūros pasikeitimų. Jie išgarina mažiau vandens. Apsauginio kopagūbrio rytiniame šlaite keroja muilinė guboja. Čia galima pamatyti ir Lietuvos Raudonosios knygos atstovę pajūrinę zundą. Šie augalai turi ilgas šaknis, kuriomis pasiekia giliau esantį vandenį ir gerai įsitvirtina judriame smėlyje. Iš sumedėjusių augalų ant apsauginio kopagūbrio auga pajūriniai karklai, pavienės pušaitės.
Palvė ir kūpstynė
Už apsauginės kopos rytų kryptimi tęsiasi palyginti plokščia kupstynė, o dar toliau rytų kryptimi – aukštėjančios palvės smėlynai. Šiose juostose augalija įvairesnė. Palvėje auga smiltyninis šepetukas, pajūrinis eraičinas, smiltyninė viksva, kalninė austėja ir kiti žoliniai augalai. Atokiau nuo jūros auga miškai: pušynai, beržynai, o užpelkėjusiose vietose – juodalksnynai.
Didysis kopagūbris
Didžiosios slenkančios kopos dar 1938 m. nebuvo sutvirtintos augalais. Pastaruoju metu neapaugusių vietų yra tik Grobšto bei Naglių gamtos rezervatuose, Parnidžio kraštovaizdžio draustinyje. Likusi didžiojo kopagūbrio dalis apsodinta kalninės bei paprastosios pušies želdiniais, apaugusi žole.
Pamarys
Reljefo įvairove pasižymi rytinė nerijos pakrantė. Marių raguose, kur smėlio pustymas nežymus, iš daugiamečių bei vienmečių žolių susidarė retoka veja. Marių krantus nuo ardymo saugo paprastųjų nendrių juosta. Čia gausu drėgnų vietų bei vandeninių augalų: melsvasis meldas, pelkinis duonis, pelkinė viksva, kiti augalai.
